Secondo me hai qualche settaggio nuovo sulla ECM che al raggiungimento di una tot temperatura motore, o parametro letto ad esempio dagli O" Sensor manda in casino la centralina bloccando il tutto.
Se hai ancora la vecchia Eprom potresti rimontarla per verificare se il problema nasce proprio da li. Se ti ricordi alla pizza a Marcon ti dicevo che quando presi la mia avevo su un powerchip che mi dava grosse noie proprio di spegnimento improvviso o di gran sborbottio, come non arrivasse più benzina o che non arrivasse corrente alle candele. Tolto quello e rimessa la eprom originale sparito il problema.